論文專著：
在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發(fā)表論文80余篇，主編、主審專著2部、參編多部。
出版專著：
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發(fā)表中文論文：
1 Modular Analysis of the Probabilistic Genetic Interaction Network 侯琳; 湯超; 王霖; 錢敏平; 李棟; 朱云平; 鄧明華; 李方廷 北京大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院; 北京大學(xué)理論生物中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; California Institute for Quantitative Biosciences; University of California; San Francisco; CA 94158; Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences; Department of Biochemistry and Biophysics; 北京大學(xué)統(tǒng)計(jì)科學(xué)中心; 北京大學(xué)物理學(xué)院 【會(huì)議】第四屆全國生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì)論文集 2010-10-06
2 多維液相色譜及液相色譜-離子阱質(zhì)譜法研究人胎肝線粒體蛋白質(zhì)組 張養(yǎng)軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 【會(huì)議】中國質(zhì)譜學(xué)會(huì)第七屆會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)報(bào)告會(huì)論文集 2004-10-01
3 串聯(lián)質(zhì)譜圖譜從頭測(cè)序算法研究進(jìn)展 孫漢昌; 張紀(jì)陽; 劉輝; 張偉; 徐長(zhǎng)明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院自動(dòng)控制系; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2010-12-15
4 蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析的無標(biāo)記定量算法研究進(jìn)展 張偉; 張紀(jì)陽; 劉輝; 孫漢昌; 徐長(zhǎng)明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院自動(dòng)控制系; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2011-06-24 15:41
5 基于馬爾科夫鏈的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位點(diǎn)概率預(yù)測(cè) 劉輝; 張紀(jì)陽; 孫漢昌; 徐長(zhǎng)明; 張偉; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】生物物理學(xué)報(bào) 2011-06-30
6 腫瘤相關(guān)生物學(xué)通路的發(fā)現(xiàn)和建模 郭昊; 朱云平; 李棟; 賀福初 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】遺傳 2011-06-27 14:26
7 分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)仿真應(yīng)用研究進(jìn)展 劉輝; 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】系統(tǒng)仿真學(xué)報(bào) 2010-02-08
8 一種基于基因表達(dá)模型識(shí)別酵母細(xì)胞周期條件特異調(diào)控子網(wǎng)的方法(英文) 劉齊軍; 王正華; 劉萬霖; 李棟; 賀福初; 朱云平 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2010-04-15
9 生物醫(yī)學(xué)命名實(shí)體識(shí)別的研究與進(jìn)展 鄭強(qiáng); 劉齊軍; 王正華; 朱云平 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究 2010-03-15
10 Liverbase:人類肝臟蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫應(yīng)用系統(tǒng)的研發(fā) 王雪; 劉齊軍; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué); 分布與并行處理國防重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊 2010-06-25
11 一種新的度量生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模塊性的方法 劉齊軍; 王正華; 郭昊; 孫漢昌; 劉萬霖; 朱云平 并行與分布處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院自動(dòng)控制系 【期刊】計(jì)算機(jī)工程與科學(xué) 2010-08-15
12 一種基于KEGG數(shù)據(jù)庫重構(gòu)代謝網(wǎng)絡(luò)的新方法 周婷婷; 容健鋒; 王正華; 董蘊(yùn)源; 王勇獻(xiàn); 朱云平 并行與分布處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 香港理工大學(xué)計(jì)算學(xué)系 【期刊】計(jì)算機(jī)工程與科學(xué) 2010-08-15
13 蛋白質(zhì)相互作用信息的文本挖掘研究進(jìn)展 李滿生; 劉齊軍; 李棟; 劉培磊; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院 【期刊】中國科學(xué):生命科學(xué) 2010-09-15
14 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化分析研究進(jìn)展 劉中揚(yáng); 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京放射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2009-01-15
15 基于穩(wěn)定同位素標(biāo)記與質(zhì)譜分析的蛋白質(zhì)定量算法研究進(jìn)展 楊星; 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】分析化學(xué) 2009-01-15
16 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)生物信息學(xué)研究進(jìn)展 侯琳; 錢敏平; 朱云平; 鄧明華 北京大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京大學(xué)理論生物學(xué)中心 【期刊】遺傳 2009-04-15
17 鳥槍法蛋白質(zhì)鑒定質(zhì)量控制方法研究進(jìn)展 李寧; 吳松鋒; 朱云平; 楊曉明 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2009-06-15
18 PNmerger:一個(gè)整合生物學(xué)通路和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的Cytoscape插件(英文) 孫漢昌; 李棟; 王建; 劉中揚(yáng); 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科技大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院自動(dòng)控制系; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2009-12-15
19 MetaGen:從KEGG建模代謝網(wǎng)絡(luò)的新工具(英文) 周婷婷; 容健鋒; 陳振沖; 王正華; 朱云平; 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)并行與分布式處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 香港理工大學(xué)計(jì)算學(xué)系 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2010-01-15
20 蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜平臺(tái)肽段可檢測(cè)性預(yù)測(cè)研究進(jìn)展 徐長(zhǎng)明; 張紀(jì)陽; 劉輝; 孫漢昌; 朱云平; 謝紅衛(wèi) 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】分析化學(xué) 2010-02-15
21 蛋白質(zhì)組研究中離子阱串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)搜庫結(jié)果解釋方法 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京 【期刊】生物物理學(xué)報(bào) 2006-08-30
22 色譜保留時(shí)間預(yù)測(cè)模型在肽段鑒定結(jié)果驗(yàn)證中的應(yīng)用 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長(zhǎng)沙; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊 2007-02-25
23 密碼子偏性的分析方法及相關(guān)研究進(jìn)展 吳憲明; 吳松鋒; 任大明; 朱云平; 賀福初 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)生物科學(xué)技術(shù)學(xué)院; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】遺傳 2007-04-30
24 蛋白質(zhì)組學(xué)中新蛋白質(zhì)鑒定的研究方法和策略 馬潔; 吳松鋒; 朱云平 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 北京蛋白質(zhì)組研究中心北京 【期刊】生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展 2007-08-15
25 基于微陣列數(shù)據(jù)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 劉萬霖; 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組研究中心北京放射醫(yī)學(xué)研究所 北京 【期刊】遺傳 2007-12-15
26 系統(tǒng)生物學(xué)研究中不同組學(xué)數(shù)據(jù)的整合 劉偉; 朱云平; 賀福初 國防科技大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京蛋白質(zhì)組中心軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長(zhǎng)沙; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào) 2007-12-20
27 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的模塊化組織研究 王正華; 劉齊軍; 朱云平 國防科技大學(xué)并行與分布處理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 長(zhǎng)沙; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所北京蛋白質(zhì)組研究中心蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】遺傳 2008-01-15
28 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析 劉偉; 李棟; 朱云平; 賀福初 國防科技大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué)) 2008-11-15
29 離子阱串聯(lián)質(zhì)譜儀質(zhì)荷比測(cè)量誤差統(tǒng)計(jì)分析 張紀(jì)陽; 朱云平; 謝紅衛(wèi); 賀福初 國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 長(zhǎng)沙; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 北京蛋白質(zhì)組研究中心 【期刊】生物信息學(xué) 2008-03-15
30 一種可用于評(píng)估肽質(zhì)量指紋譜數(shù)據(jù)的方法——反轉(zhuǎn)錯(cuò)位數(shù)據(jù)庫 吳松鋒; 薛曉芳; 張紀(jì)陽; 應(yīng)萬濤; 馬潔; 錢小紅; 朱云平; 賀福初 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所; 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 【期刊】分析化學(xué) 2008-04-15
31 22周孕齡人胎肝表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)更新與初步分析 陳廷貴; 吳松鋒; 周鋼橋; 朱云平; 賀福初 蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京蛋白質(zhì)組研究中心; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所 【期刊】科學(xué)通報(bào) 2008-09-23
32 RPLC-SDS-PAGE整體蛋白質(zhì)分離與納升毛細(xì)管液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的研究及應(yīng)用 張養(yǎng)軍; 李文瑞; 孟慶芳; 鄧新宇; 田英華; 王京蘭; 楊兵; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 北京 【期刊】生命科學(xué)儀器 2005-04-30
33 一種規(guī)�；鞍踪|(zhì)組分離和鑒定新方法研究及其應(yīng)用 張養(yǎng)軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室; 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所基因組與蛋白質(zhì)組研究室 北京 【期刊】分析化學(xué) 2005-10-25
媒體報(bào)道：
蛋白質(zhì)組研究中的“清道夫”——記北京蛋白質(zhì)組研究中心朱云平研究員課題組
朱云平，北京放射醫(yī)學(xué)研究所研究員，碩士生導(dǎo)師，北京蛋白質(zhì)組研究中心（蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）生物信息學(xué)研究室PI。中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會(huì)蛋白質(zhì)組學(xué)專業(yè)委員會(huì)委員，中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會(huì)生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會(huì)委員，研究方向?yàn)榈鞍踪|(zhì)組生物信息學(xué)及系統(tǒng)生物學(xué)，已在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發(fā)表論文八十余篇。
承擔(dān)并完成了4項(xiàng)國家973、863重大項(xiàng)目課題及1項(xiàng)北京市重大基礎(chǔ)研究課題。在大規(guī)模蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、不同實(shí)驗(yàn)室來源數(shù)據(jù)整合和標(biāo)準(zhǔn)建立、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析方法研究、大規(guī)模蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析策略等方面已經(jīng)形成了可應(yīng)用的技術(shù)體系和軟件平臺(tái)，形成的技術(shù)平臺(tái)體系、培養(yǎng)的人才隊(duì)伍對(duì)蛋白質(zhì)組學(xué)研究起到很好的基礎(chǔ)支撐作用，為保證我國在國際人類肝臟蛋白質(zhì)組計(jì)劃的領(lǐng)導(dǎo)地位起到了重要作用。
獲軍隊(duì)科技進(jìn)步成果二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、北京科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、國家科技進(jìn)步成果三等獎(jiǎng)1項(xiàng)。獲軟件著作權(quán)15項(xiàng)。
上世紀(jì)90年代，科學(xué)家們繪制出了基因圖譜，人類對(duì)生命本質(zhì)的認(rèn)識(shí)達(dá)到前所未有的深度，但科學(xué)家同時(shí)也發(fā)現(xiàn)，基因組中絕大部分基因及功能仍然處于未知狀態(tài)，需要從蛋白質(zhì)水平予以解釋�；蚪M決定生命體的基本形式，而蛋白質(zhì)組決定生命的多樣性、復(fù)雜性及其功能。于是，繼人類基因組計(jì)劃之后，又一項(xiàng)重大的生命科學(xué)工程——蛋白質(zhì)組計(jì)劃“破殼而出”，開啟了“全景式”揭示生命奧秘的新時(shí)代。
在對(duì)蛋白質(zhì)組的研究中，有這樣一個(gè)引人矚目的群體，他們隸屬國內(nèi)第一家從事蛋白質(zhì)組研究的專業(yè)研究機(jī)構(gòu)——北京蛋白質(zhì)組研究中心。該中心位于中關(guān)村生命科學(xué)園，由軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、中國科學(xué)院、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院、清華大學(xué)、北京大學(xué)、江中集團(tuán)及北京生物技術(shù)和新醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)促進(jìn)中心共同創(chuàng)建，致力于研究和開發(fā)具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的蛋白質(zhì)組和功能基因組平臺(tái)，致力于建設(shè)國際一流的集蛋白質(zhì)組科學(xué)研究、技術(shù)創(chuàng)新、人才培養(yǎng)、成果轉(zhuǎn)化、信息交流與技術(shù)服務(wù)于一體的國家級(jí)研究中心和基地。
這是國際人類肝臟蛋白質(zhì)組計(jì)劃執(zhí)行總部，目前，中心已經(jīng)成為我國蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、全軍基因組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、“首都科技條件平臺(tái)”。
都說背靠大樹好乘涼，北京蛋白質(zhì)組研究中心為他們的科研事業(yè)提供了絕無僅有的優(yōu)渥條件，在這樣一顆大樹下，他們?cè)诘鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域盡力求取知識(shí)，兢兢業(yè)業(yè)科研，將個(gè)人的理想融入蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展的潮流，致力于揭示研究生命科學(xué)領(lǐng)域的奧秘。
他們就是北京蛋白質(zhì)組研究中心朱云平研究員課題組。
科研路線圖：大幅提升蛋白質(zhì)組質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率
《分子與細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)》是蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域全球影響力最大的專業(yè)性刊物。2009年3月，朱云平研究員領(lǐng)導(dǎo)的課題組在該刊物上發(fā)表的《鳥槍法蛋白質(zhì)組研究中對(duì)鑒定肽段進(jìn)行驗(yàn)證的貝葉斯非參模型》一文，引起了業(yè)界的高度重視，該研究成果大幅提升了蛋白質(zhì)組質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率。
大規(guī)模、高通量的蛋白質(zhì)組研究產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)，其中包含了大量的噪聲，而可靠的數(shù)據(jù)是進(jìn)一步生物學(xué)分析的基礎(chǔ)。目前的分析方法均采用了過嚴(yán)的標(biāo)準(zhǔn)，這在降低假陽性的同時(shí)也人為地造成了數(shù)據(jù)較高的假陰性，導(dǎo)致大量數(shù)據(jù)浪費(fèi)。因此，“在保證高可信度的前提下，最大限度地利用實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)”一直是蛋白質(zhì)組學(xué)界的追求。朱云平研究員課題組基于隨機(jī)數(shù)據(jù)庫策略、非參概率密度模型和貝葉斯公式，建立了串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)過濾的多元貝葉斯非參模型，將質(zhì)譜數(shù)據(jù)的利用率提高了10%—40%，創(chuàng)造了目前該領(lǐng)域研究的最好水平。
在蛋白質(zhì)組功能（網(wǎng)絡(luò)）研究中，課題組整合了多種蛋白質(zhì)相互作用證據(jù)并進(jìn)而對(duì)高通量蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的可靠性進(jìn)行了分析，發(fā)展的評(píng)估方法具有比其他方法更高的特異性和覆蓋率。發(fā)展完善了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)知識(shí)挖掘的體系：首先從蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中發(fā)現(xiàn)與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān)的子網(wǎng)，然后在此基礎(chǔ)上首次進(jìn)行蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中信號(hào)流方向的研究，并建立了一種高準(zhǔn)確率的預(yù)測(cè)方法。該方法應(yīng)用于人蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)后，他們首次得到了一個(gè)人蛋白有向相互作用網(wǎng)絡(luò)，并據(jù)此推測(cè)出了大量潛在的信號(hào)通路。該有向網(wǎng)絡(luò)中相互作用的方向性得到了現(xiàn)有的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫的很好的支持。這項(xiàng)研究，不僅能夠推斷出蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中大量的潛在信號(hào)通路，而且從結(jié)構(gòu)和功能等角度提供了對(duì)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的全新理解。
生命科學(xué)宏圖：建立肝臟的綜合知識(shí)庫
肝炎是中國第一大疾病，肝癌為中國惡性腫瘤的第二號(hào)殺手。為尋找治療肝臟疾病的金鑰匙，2002年11月，當(dāng)時(shí)年僅40周歲、中國科學(xué)院最年輕的賀福初院士在國際會(huì)議上提出了“人類肝臟蛋白質(zhì)組計(jì)劃”，并贏得了與會(huì)代表的廣泛支持。
人類肝臟蛋白質(zhì)組計(jì)劃的實(shí)施，將會(huì)發(fā)掘出一批重要的功能蛋白，發(fā)現(xiàn)一批全新的藥物靶標(biāo)，催生一批治療藥物，為肝病預(yù)防、診療提供新策略、新技術(shù)，從而大大降低肝臟領(lǐng)域疾病醫(yī)療成本，提升中國和世界人民的健康水平。
目前，朱云平研究員領(lǐng)導(dǎo)的課題組關(guān)于人肝臟蛋白質(zhì)組生物信息學(xué)的研究取得了初步進(jìn)展。課題組建立了蛋白質(zhì)表達(dá)、修飾、定位、相互作用等系列數(shù)據(jù)庫，產(chǎn)出了世界上規(guī)模最大、內(nèi)容最豐富的人體重要組織器官－肝臟的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，從多方面提供了系統(tǒng)的信息及直接的實(shí)驗(yàn)證據(jù)，為全面解讀人類基因組、揭示生命信息從基因組到蛋白質(zhì)組的調(diào)控規(guī)律提供了重要基礎(chǔ)。同時(shí)，建立了可供各質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)室使用的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)管理、分析及展示的軟件系統(tǒng)ProteomeView，免費(fèi)提供給學(xué)術(shù)界使用。
課題組整合肝臟相關(guān)的基因組學(xué)、肝臟轉(zhuǎn)錄組學(xué)、肝臟蛋白質(zhì)組學(xué)、肝臟相關(guān)的通路及肝臟疾病等五部分生物學(xué)知識(shí)，構(gòu)建了LiverAtlas數(shù)據(jù)庫——肝臟相關(guān)的生物學(xué)綜合知識(shí)庫�；贚iverAtlas數(shù)據(jù)庫中所儲(chǔ)存的信息進(jìn)行深入的數(shù)據(jù)挖掘和分析，旨在尋找與肝臟生理和病理相關(guān)的規(guī)律。從系統(tǒng)生物學(xué)角度對(duì)比和分析肝癌組織與非癌肝臟組織的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，挖掘肝癌進(jìn)展與基因表達(dá)形式之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)肝癌候選功能基因，另一方面，利用分子間的共表達(dá)關(guān)系，構(gòu)建肝癌候選功能基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)與肝癌密切相關(guān)的分子特征，并應(yīng)用這些特征數(shù)據(jù)建立肝癌預(yù)測(cè)模型，從而為早期診斷肝癌提供依據(jù)，并有助于提高對(duì)肝癌的治療水平。
在對(duì)生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)的功能模塊性進(jìn)行了分析之后，課題組提出了功能模塊性的度量指標(biāo)體系和判定準(zhǔn)則，給出了功能模塊的定義原則和方法，并將指標(biāo)和準(zhǔn)則應(yīng)用于生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了酵母轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的功能模塊性特征，并給出了多個(gè)物種的代謝網(wǎng)絡(luò)功能模塊性與進(jìn)化之間關(guān)系。
另外，他們采用生物信息學(xué)的手段就基于代謝網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)發(fā)育重建方法中代謝網(wǎng)絡(luò)重建和網(wǎng)絡(luò)間進(jìn)化距離確定這兩個(gè)關(guān)鍵步驟進(jìn)行了深入研究。設(shè)計(jì)了一種基于KEGG數(shù)據(jù)庫、快速可靠地重建代謝網(wǎng)絡(luò)的新方法；根據(jù)該方法開發(fā)了兩款針對(duì)不同研究目的的新的代謝網(wǎng)絡(luò)重建軟件；在分析有向網(wǎng)絡(luò)中酶進(jìn)化保守性與拓?fù)渲匾缘年P(guān)系的基礎(chǔ)上建立了一種新的進(jìn)化距離確定模型，并借鑒信息檢索中特征項(xiàng)提取的研究思想進(jìn)一步提出了一種新的系統(tǒng)發(fā)育重建模型。
在談到對(duì)生物信息學(xué)課題組本身的評(píng)價(jià)及未來幾年的規(guī)劃時(shí)，朱云平研究員說，像人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃這種大科學(xué)工程，高通量、大規(guī)模地產(chǎn)出海量復(fù)雜數(shù)據(jù)，從中得到可靠的核心數(shù)據(jù)集是進(jìn)一步生物學(xué)分析的基礎(chǔ)。
其實(shí)驗(yàn)室目前致力于為學(xué)術(shù)界提供可靠的、全面的、成系列的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集，同時(shí)提供一系列的數(shù)據(jù)庫、分析工具和平臺(tái)，為有效地分析和利用我國及世界上的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)提供有力的支撐和保障。
課題組將依托蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，整合基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等數(shù)據(jù)，進(jìn)行肝臟的系統(tǒng)生物學(xué)研究。抓住“國家蛋白質(zhì)科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施”建設(shè)的契機(jī)，建立國家蛋白質(zhì)組信息資源中心，建成大型蛋白質(zhì)組信息學(xué)綜合服務(wù)平臺(tái)，為大科學(xué)計(jì)劃提供從全流程實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、資源與項(xiàng)目管理、海量數(shù)據(jù)共享與計(jì)算服務(wù)到交叉領(lǐng)域合作，從基本數(shù)據(jù)挖掘到系統(tǒng)生物學(xué)分析的生物信息學(xué)全面解決方案。3－5年內(nèi)著重建設(shè)肝臟綜合數(shù)據(jù)庫。
朱云平研究員說，其課題組目前就像清道夫，為生命科學(xué)的攻關(guān)掃清道路，而今后則將為成為生命科學(xué)研究的尖兵而努力。
文章來源：《科學(xué)中國人》2011年第24期
朱云平，男，1969年12月9日生于湖南婁底，現(xiàn)任北京蛋白質(zhì)組研究中心（蛋白質(zhì)組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）生物信息學(xué)研究室PI，研究員、碩士生導(dǎo)師。
科學(xué)研究：
榮譽(yù)獎(jiǎng)勵(lì)：