農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟(jì)的健康發(fā)展是國(guó)民經(jīng)濟(jì)持續(xù)、穩(wěn)定和協(xié)調(diào)發(fā)展的根本保證。我國(guó)農(nóng)業(yè)正受到耕地減少、水資源不足、農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境日益惡化的嚴(yán)重威脅。保證21世紀(jì)我國(guó)16億人口的食物安全，任務(wù)非常艱巨。加入WTO后，既給我國(guó)農(nóng)業(yè)發(fā)展帶來了機(jī)遇，也使農(nóng)產(chǎn)品進(jìn)出口貿(mào)易面臨嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。根據(jù)國(guó)家經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展對(duì)農(nóng)業(yè)領(lǐng)域基礎(chǔ)研究的重大需求，針對(duì)加入WTO后我國(guó)農(nóng)業(yè)面臨的新形勢(shì)，農(nóng)業(yè)領(lǐng)域基礎(chǔ)研究的工作重點(diǎn)是：瞄準(zhǔn)世界農(nóng)業(yè)科學(xué)研究發(fā)展的前沿，緊緊圍繞我國(guó)農(nóng)業(yè)發(fā)展的重大科學(xué)問題，重點(diǎn)開展農(nóng)業(yè)生物基因組學(xué)與農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)改良、農(nóng)業(yè)主要病蟲害可持續(xù)控制、農(nóng)業(yè)生物資源的保護(hù)和利用、農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境的改善和農(nóng)業(yè)資源的高效利用等方面的基礎(chǔ)研究，進(jìn)一步增強(qiáng)農(nóng)業(yè)科技原始創(chuàng)新的能力。要在實(shí)現(xiàn)農(nóng)業(yè)增產(chǎn)的同時(shí)，為調(diào)整農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)、提高農(nóng)業(yè)效益、增強(qiáng)國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)能力、改善農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境提供科學(xué)支撐，為確保我國(guó)農(nóng)業(yè)這個(gè)國(guó)民經(jīng)濟(jì)的基礎(chǔ)產(chǎn)業(yè)穩(wěn)步增長(zhǎng)做出貢獻(xiàn)。
    “十五”后三年重點(diǎn)研究方向是：
1、重要農(nóng)業(yè)動(dòng)植物功能基因組學(xué)研究
2、重要農(nóng)業(yè)動(dòng)植物品質(zhì)改良及其安全問題
3、農(nóng)作物病蟲害控制與農(nóng)業(yè)動(dòng)物重大疫病防治
4、農(nóng)業(yè)生物資源的保護(hù)和利用
5、農(nóng)業(yè)資源環(huán)境保護(hù)與生態(tài)系統(tǒng)
6、農(nóng)作物水、養(yǎng)分、光能高效利用